Наблюдал несколько дней в разное время суток и с разных локаций - больше не воспроизводится. В последний раз натыкался месяца полтора назад. Наверное можно считать, что проблема ушла.
Brotli точно ни при чем. Неверная длина jquery-1.7.2.min.js появлялась и в curl, а он бротли не умеет. Больше похоже на какой-то внутренний сбой cloudflare.