Если по сравнению с автомобилем, то таки Вы знаете педали газа, тормоза, сцепления и правильно ими пользуетесь, так и в клиенте, правильно расставить галки (если доверяете автоматике) или управлять вручную.
Немного за вручную (у меня это уже вошло в привычку, поэтому нисколько не задерживает):
1. Перед скачиванием какой-то раздачи, я создаю папку с соответствующим именем на понятном мне языке (русском) в нужном разделе или диске (видео, аудио храню на разных разделах (дисках);
2. Скачиваю браузером торрент файл (именно скачиваю, а не отправляю в клиент автоматически) в ту же папку, которую я приготовил для раздачи в первом пункте и сохраняю в этой папке торрент файл с именем раздачи (чтоб потом не гадать, что это за торрент файл с номером - он у меня лежит в папке с именем раздачи и имеет имя раздачи - захочешь, а не перепутаешь);
3. Далее - действую, как уже писал
И до сих пор ни один файл у меня не появился в неустановленном месте, за исключением случаев, когда я забывал указать местоположение в которое я хочу положить раздачу. Но это я так делаю, Вы можете выбрать свой путь. Да, в случае ручного управления, в разделе настроек Папки не должно быть никаких галок
Хранить можно, но нежелательно и до покупки диска - тоже правильно, не трогайте.