Насколько я помню для MP4 и AVI главы не предусмотрены.
Только для MKV в виде текстового списка глав, который лежит внутри контейнера.
Но на Ютьюбе только MP4 и какое бы вы видео туда не загружали - все равно его перекодирует в MP4.
Как вы наверно знаете на Ютьюбе одно и то же видео представлено в разных разрешениях и это реализовано отдельными файлами с разным разрешением.
Поэтому, если вы загрузите видео в 1080p то его перекодируют автоматом и на выходе будет несколько вариантов разрешения.
Главы и прочее пропадут. А если вы хотите получить видео с главами для личного пользования или раздач - используйте формат MKV. Видео в нем тоже можно резать на куски, сепарировать или склеивать.
В него также можно вставить картинку, которая будет постером видео.