Если при этом ещё и активно раздает, то уже хорошо. Когда скачаются полностью, удалите их, и запустите еще две, но теперь такие, где много и скачивающих, и раздающих. Если и в этом случае проблем не будет, то вывод один - узким место являются жесткие диски, а именно их возможность записывать на большой скорости множество блоков данных. Выходов есть несколько: покупка SSD под торренты; остановка активных раздач на время загрузки; загрузка на SSD, с последующим ручным перемещением раздачи на жесткие диски.