Не уверен, что это поможет именно Вам, но наверняка кто-то другой сталкивается с такого рода проблемой.
Использую qBitttorent v4.5.0. (64-bit).
Когда начинал скачивать несколько файлов по 50-100Гб, то сталкивался с тем, что внешний жёсткий, на который качаются файлы, зависал намертво, помогла одна маленькая хитрость - фильмы качаются на другой жёсткий (HDD внутренний), а после скачки автоматически переносятся на внешний диск и уже спокойно сидируются раздачи, хоть носитель и загружен на практически 100%.
Вот пример:
Настройка