Младший брат будущего министра путей сообщений Российской империи Павла Петровича Мельникова, Алексей Петрович Мельников, так же как и его старший брат, занимался прокладкой железной дороги из Санкт- Петербурга в Варшаву(15 февраля 1851 года состоялось подписание указа императора Николая I о постройке дороги Санкт-Петербург — Варшава на средства казны.), Строительство магистрали началось с двух сторон - от Санкт-Петербурга и от Варшавы.
При прокладке железнодорожного полотна через восточные земли пригорода Вильны казной были приобретена полоса участков, проходящая по фольварку Маркутье, принадлежавшего в те годы врачу И. Годлевскому. В мае 1862 г. инженер-генерал Мельников выходит в отставку, и начинает присматривать земельные участки под строительство собственной загородной усадьбы, вспоминает о красоте Маркутье, и уже 27 июня 1867 г. Мельниковы приобретают это имение.
в 1975 году старшая дочь Алексея выходит замуж гвардии поручика Василия Мошкова, и в приданное получает именье Маркутье. Семейная жизнь Варвары и Василия не сложилась и после многочисленных скандалов в 1875 году они разводятся. Варвара уезжает в Петербург, оставляя за собой поместье Маркутье как летнюю усадьбу.
В начале 80-х годов мать Варвары сговаривается с сестрой А.С.Пушкина Ольгой Павлищевой свести свою дочь с сыном поэта Григорием Александровичем Пушкиным. В результате продуманной стратегии свах, через два года после знакомства, в 1883 г. они венчаются в Виленской православной церкви «Младенца Иисуса» на пересечении улицы Бокшто и Сиротской (Субачяус, церковь до наших дней не сохранилась).
После свадьбы Варвара и Григорий Пушкины живут в Михайловском. К столетию со дня рождения поэта император Николай стремился в родовом имении Ганнибалов-Пушкиных открыть мемориальный музей. В связи с этим на протяжении многих лет велись переговоры с Григорием Пушкиным о продаже Михайловского. В 1899 году Григорий соглашается продать имение государству. Чета Пушкиных переезжает жить в Маркутье (до этого усадьба служила им дачей, где они гостили несколько месяцев в году).
В Вильне Пушкины легко вливаются в общественную деятельность и занимают влиятельное положение в обществе. Например, Варвара Алексеевна была членом комитета благотворительного общества «Доброхотная копейка», основанного в 1868 году женой Виленского градоначальника Екатериной Потаповой, и находящегося под покровительством императрицы Марии Федоровны;
Григорий Александрович в годы жизни в Маркучай состоял членом Виленской судебной палаты, вместе с женой активно участвовал в общественной жизни: устраивал благотворительные вечера, материально поддерживал и опекал бедных учеников Пушкинской гимназии, входил в состав юбилейного комитета по празднованию 100-летия со дня рождения А. С. Пушкина в Вильно. Досуг посвящал литературе и охоте (в музее сохранилась большая библиотека и некоторые охотничьи принадлежности Г. А. Пушкина).
При переезде из Михайловского в Маркутье, чета Пушкиных перевезла личные вещи поэта, мебель, книги и даже двухметровый ствол сосны (воспетой Александром Сергеевичем), сломленной бурей в 1895 году. Поддерживая идею мужа о сохранении памяти о великом поэте, Варвара Алексеевна устраивала пушкинские чтения, литературные вечера и концерты в своей усадьбе. Важно, что еще при жизни она заложила основу для музея, создав в одной из комнат «пушкинский уголок», где выставлялись вещи, связанные с поэтом и его семьей.
В 1899 году Варвара и Григорий принимали активное участие в организации юбилейного комитета по празднованию 100-летия со дня рождения А. С. Пушкина в Вильнюсе. Подобные комитеты были созданы на территории всей Российской Империи. Примечательно, что Варвара и Григорий одновременно входили в два комитета – в Вильне и в Михайловском. В задачи Варвары и Григория входила популяризация имени Пушкина в Виленском крае. Именно благодаря их усилиям, к 1900 году в Вильне появился первый памятник поэту, который был заказан в Санкт-Петербурге.
Помимо общественной деятельности у Варвары были и другие увлечения. Она играла на рояле, вышивала, занималась живописью и графикой. Предположительно, изобразительному искусству она училась в парижской частной Академии Жюлиана (фр. Académie Julian), в единственной в то время академии художеств, куда принимали и женщин.
Также Варвара Алексеевна рисовала портреты своих родственников, гостей и работников усадьбы. Кроме этого, идентифицированы портреты Григория Пушкина, гувернантки Мари Пелише и Варвары Волковой (внучки), выполненные карандашом. Работы создавались в разное время. На некоторых еще чувствуется процесс обучения, например, неправильные пропорции (изображение фигуры юноши с уменьшенной головой), а некоторые говорят об уже «поставленной» руке, приобретенных художественных навыках.
арвара Алексеевна была глубоко верующим человеком и общалась со служителями храмов и монастырей, которые часто гостили в усадьбе.
В 1903 г. Пушкины приступили к строительству семейной часовни в парке имения Маркучяй. Однако Григорий Александрович не дождался окончания начатых работ. Он скончался 15 августа 1905 г. Похоронен на семейном кладбище в Маркучяй. Младший сын А. С. Пушкина Григорий детей не имел.
Варвара принимала активное участие в проектировании домовой церкви Св. Варвары, которая была построена в 1906 году. Первоначальные чертежи были подготовлены главным архитектором православной епархии в Литве Михаилом Прозоровым. Варвара Алексеевна делала эскизы интерьера, серебряной нитью вышивала покровцы и заказывала иконы у Виленских монахинь. К сожалению, уцелело лишь несколько икон – Месяцеслов (март, декабрь), «Рождество Христово», Воскресение Христово», «Св. Архангел Гавриил», «Св. великомученица Варвара», «Св. Николай». Также удалось сохранить несколько книг на церковно-славянском языке и ноты.
Часовня Св. Варвары была действующим храмом, в котором совершались богослужения, по заранее установленным датам. Традиционно проводились службы в день именин хозяйки Маркутья – 4 декабря (память великомученицы Варвары).
После смерти Григория в 1905 году по эскизам Варвары Алексеевны было изготовлено надгробие на его могилу. По стечению обстоятельств это надгробие стало общим для четы Пушкиных после смерти хозяйки Маркутья.
В составленном в 1935 г. завещании она писала, что в жилом доме усадьбы Маркучай должна сохраняться память о великом поэте А. С. Пушкине и что имение Маркучяй всегда должно служить культуре.
Во исполнение воли Варвары Алексеевны Пушкиной в 1940 г. в центральной усадьбе бывшего имения Маркучяй создан литературный музей А. С. Пушкин