Попробуйте удалить из системы установленную программу (полностью, зачистив реестр).
Возьмите эту версию
µTorrent 2.0.4. Поместите её
не на системном разделе, программа работает без установки в систему (Portable). Внесите настройки, сохраните их, закройте программу (закройте полностью, убедитесь, что в диспетчере задач uTorrent не фигурирует), протестируйте.
ПыСы. Антивирь в систему устанавливали?