anya1956ss

Файл клиентом проверен на 100 %, о чем свидетельствует состояние "Подключение к пирам". После состояния "Подключение к пирам" раздача не может висеть с хешем 99,9% (проверено 99,9 %), т.е. будет загружено 99,9 % и при появлении отдающих части файла раздача будет загружаться, а не будет продолжения проверки.
Из ваших: "Я вернул его на ЖД, клиент его прохешировал до 99,9% ..." следует, что переброс файла на другое место мог быть причиной отсутствия некоторых частей файла:

Из сообщения, указанного на скриншоте видно, что части файла могут потеряться и при переносе с одного места на другое место даже в пределах одного диска.
На чисто теоретический вопрос найдется масса адекватных* (* - не опровергаемых) ответов, не говоря уже о чисто теоретических ответах.
Например, самое легкое объяснение: "У отдающего части файла клиента файл был в состоянии "Пауза"".

Дозагрузка файла при наличии всех частей скачанного, видимо, нередкое явление, так как такое явление я видел и у чужих (в статистике раздачи файлов), и у себя.
Из своих случаев:
1. Свежий случай:

На скриншоте видно, что скачанное как бы имеет объём 8 Мб.
Фактически скачанное 1,67 Гб из 35,42 Гб, а скачанное 8 Мб появилось при последнем запуске клиента. Сам даже не видел дозагрузку файла в клиенте, т.е. обнаружил только в профиле аккаунта.
2. Из очень старых:

Cкрытый текст -

Вам самому, видимо, это легче будет сделать.
Небольшая информация из сообщения на другом трекере относительно https на http: