Здравствуйте. По умолчанию торрент так и работает, сам докачивает недостающее после обрыва, вмешательства пользователя в этот процесс не требуется. Но то, что случилось у Вас, может быть при самостоятельном удалении или перемещении уже скачанных файлов. Проверьте, не было ли чего подобного.