Здравствуйте.
Вероятнее всего, проблема кроется в "особенности" работы клиента µTorrent с объемными (и не очень) раздачами. Наверняка, в главном окне программы (в нижней панели) появляется сообщение о перегрузке диска.
Возможных решений этой проблемы довольно много, единой "панацеи" (кроме
смены торрент-клиента) нет. Почитайте
здесь.
В любом случае, при падении скорости загрузки до нуля - стоит подождать. Рано или поздно - раскочегарится и докачается)