Эта папка boot и есть загрузчик. Не надо ни по каким ексешникам кликать.
Если не понятно, то проще и быстрее будет загрузиться с CD, появится окно сканера, настроите его реакцию на вирус и укажите раздел для сканирования.
Я же сказал - на будущее, т. е. на возможный похожий случай в будущем.
А сейчас:
1. Настраивайте браузер под себя (дополнения, закладки и пр.);
2. Запускаете архиватор (к примеру WinRAR) и архивируете папку, в которую Вы поместили мазилу портабельную;
3. Прячете полученный архив до худших времён (можете скинуть на облако).
При обновлении браузера (портабельные версии обновляются), при добавлении закладок и пр., можете обновить и архив (чтобы всегда был "свеженьким").