Здравствуйте.
Он спрашивает "Перезаписать?" - жмите "Да".
Никакой перезаписи и перекачки не последует.
Есть и другой способ. Если сами торрент-файлы сохранены, то можно перенести скачанные файлы раздач в новое место, затем удалить задания из клиента, в настройках клиента указать новое место скачивания раздач по умолчанию и скопом добавить все торренты заново.