Изменений очень много. Есть смысл скачать 6.8.0. В следующих вроде ничего серьёзного нет. Но старую версию не удаляйте. Не уверен именно в 4.0, но старые версии меньше капризничают с MPEG-2 Video с открытой первой GOP.
P.S. В новой версии обязательно добавьте и сохраните в командной строке параметры "--engage no_cue_duration" и "--engage no_cue_relative_position".