блин, да где вы такие проблемы то умудряетесь находить? меня MKV за исключением невнятных тегов устраивает во всём. и ничего подобного у меня не происходило.
кстате, а зачем вы так перепаковываете DVD? то есть, вы сначала скачиваете DVD а потом вот так над ним надругаетесь? не проще ли скачивать AVC рипы ?
актуальная версия 7100 тоже так делает?
... помню была какая то хитрая прога DVD to MKV