Пакетно удалить потоки субтитров в mkvmerge несложно.
Достаточно в папке с файлами mkv, из которых нужно удалить потоки сабов, запустить вот такой вот батник:
Код:
@echo off
for %%f in ( *.mkv ) do mkvmerge -o New\%%f -S %%f
После выполнения батника mkv-файлы без дорожек субтитров будут лежать в папке New.