1. Какая у вас версия клиента?
2. Как расставлены птички в блоке "При добавлении торрента" в окне Настройки-> Интерфейс.
Странно только то, что "торрент вообще не добавляется", при том, что "открывается окно программы" (то есть, ассоциация типа файла с клиентом есть)...