С каким битрейтом Вам ac3 нужен?
Можно разобрать на каналы с помощью eac3to, если Вас командная строка в ужас не приводит:
Код:
eac3to 1_3_audio.dtshd 1_3_audio.wavs
Должен быть установлен ArcSoft DTS Decoder 1.1.0.0
Собираете, как обычно, с помощью SoftEncode, например.