Вот
здесь все подробно.
То есть с помощью утилиты
eac3to можно разобрать Blu-Ray или ремукс в формате BDMV на элементарные потоки.
Читайте
Работа с Blu-ray и контейнерами EVO/VOB/(M2)TS/MKV -
Разборка Blu-ray
Собрать их потом можно в контейнер mkv с помощью mkvmerge, входящий в состав пакета программ
MKVToolNix
http://forum.kinozal.tv/showthread.php?t=20638
Чаптеры (метки глав) нужно сграббить в формате xml с помощью утилиты
ChaptersGrabber
В случае ремукса в контейнере mkv все еще проще. Он пересобирается в mkvmerge. Просто снимаете галки с ненужных Вам дорожек.