Войдите в настройки на английском будет извещено, что для изменения нужно перезапустить клиент. Закройте клиент (закройте, а не сверните в трей) и снова запустите.
Если в папке C:Usersимя пользователяAppDataRoaminguTorrent имеются файлы settings.dat (и другие .dat), то все настройки сохранены.