Только полностью перекодировав. Не знаю, есть ли в других программах подобные фильтры, но для VirtualDub - это фильтр
logoaway. На продолжительных видеороликах убирать логотип - дело бестолковое, т. к. на каком нибудь фрагменте будет заметна заплатка.
Вот результат работы фильтраВ общем, игра не стоит свеч.