С 1-2 сериями - не вопрос.
А если не один десяток серий, а пакетного режима - ёк?
А ещё лучше вот эта программулина:
http://www.pcfreetime.com/RU/index.html
Простенькая, без изысков, бесплатная, но удобства в ней - хоть отбавляй.
ЗЫ... Там в описании отсутствует поддержка mkv. Но она на самом деле есть.
В пакетном режиме, при конвертации, в опциях видео кодека поставить
copy.
В опциях аудио кодека выбрать битрейт и нормализацию.
Жмакаем "пуск".
Идём курить и пить кофе.