Точные сведения, что именно произошло, нам так и не рассказали. А именно, самое интересное: каким образом они получили контроль над серверами FREEDOM HOSTING, кое-где говорится, что каким-то образом они сумели по анализу косвенных данных об сочетании активности и простоя сайтов .onion и соотнесения этого с конкретными хостерами, вычислить реальный хостинг.
JS-эксплоит, кстати, не давал полного доступа к пользовательским машинам, но позволил получить реальные IP (MAC-то им зачем, но допустим и MAC тоже)
Анонимность не тема данного топика и вообще раздела форума. Здесь Tor используется для обхода блокировки, при этом анонимность не очень интересует.
Но вообще-то говоря, надо не забывать, что Tor-браузер фактически не является частью системы Tor, он просто для удобства включен в состав сборки, чтобы пользователю ничего не надо было настраивать.