Тут куча причин может быть. Например мой ящик звук в DTS не кушает.
Иногда его ещё не устраивает версия
mkvtoolnix...
Потом mkv - это не кодек, а контейнер, в который запихнуть можно буквально всё. В том числе неподдерживаемый формат.
Может быть проблема с главами.
Попробуйте найти разницу в файлах с помощью
mediainfo и
mkvtoolnix .
ЗЫ... Вот
тут тоже можно почитать.