В файле settings.dat
Можно найти его поиском, и скопировать в папку с самим клиентом (типа с:\программные файлы\utorrent)
а потом саму эту папку переместить на другой диск и запускать клиент оттуда. От греха подальше.
А можете просто положить куда-нибудь копию этого файла. И восстанавливать по мере надобности.
ЗЫ... А если быть совсем точным, то у вас какие-то проблемы с профилем.
Ни с того ни с сего, что-то не пропадает.
Разумеется, если настройки клиента у вас хранятся по умолчанию в профиле.