Во-первых то, что клиент спросит - это можно отключить, и спрашивать не будет. И спрашивает он при любом статусе задания - раздается ли, загружается ли, остановлен. Так что по поводу "не даст удалить" - тут Вы в самом деле ошиблись.
Во-вторых он просто спрашивает об удалении задания и файлов, но ничего не говорит о том, что файл используется другой программой (да и не должен собственно) либо загружается/раздается. И я ничего не говорил про то, что в окне клиента отображается статус задания. Это итак понятно. И вообще - речь идет не об активных заданиях в клиенте, а об удалении заданий при занятом файле.