Скажем, исходник лежит на диске (разделе) без изьянов, а сохраняете готовый результат в раздел, с плохими секторами, что влияет на качество.
Ну и давайте попробуем поиграть с аудиодорожкой, сохраните её в каком-нибудь другом формате и вставьте в видео. Сохранятся ли проблемы (этим попробуем исключить "косяк" при работе с Sonic Foundry Soft Encode)?