Я с логотипами не оставляю - таких не смотрю.
А если сравнить, что лучше:
1) когда у видео есть постоянная "клякса" в видимой части, при том, довольно яркая. В содержании, по сюжету не участвующая:
2) когда местами, не везде появляется некоторые замыленные места. В зависимости от самого видео, логотипа и пользователя они малозаметные.
Конечно, если по всей длине логотипы, то лучше бы там где они отсутствуют, лучше не трогать.
Вот когда таких участков много или когда логотипы "прыгающие", появляющиеся и исчезающие. Тогда тяжело.