Без пересборки контейнера навряд ли.
А в чем проблема-то? Скачиваете и устанавливаете себе пакет MKVToolNix -
http://www.bunkus.org/videotools/mkv...downloads.html
Например, последнюю версию для Windows -
http://www.downloadbestsoft.com/MKVToolNix.html
Можно портабельную версию, можно инсталятор.
Запускаете mkvmergeGUI и перепаковываете, как Вам нужно.
Внимание! Для устранения проблем совместимости при воспроизведении на бытовых плеерах и старых софтовых проигрывателях файлов, собранных в mkvmerge 5.9.0 и выше, необходимо перед муксингом добавить опции командной строки (Обработка - Добавить параметры командной строки):
Код:
--engage no_cue_duration --engage no_cue_relative_position
С версии 6.0.0 их можно и нужно сохранить по умолчанию, поставив соответствующую галочку.