У себя (правда, на 3.3.1, но в этом они с 3.3, похоже, одинаковы) я "научился" воспроизводить синдром "одного слота отдачи":
Проблемы нет, если в Дополнительных настройках bt.tcp_rate_control установлен в false, а в закладке Скорость установлен хоть какой-нибудь лимит для Максимальной скорости отдачи (пусть даже и заведомо слишком высокий). При такой настройке отдача по каждому заданию идёт по отведённому числу слотов.
Если же либо bt.tcp_rate_control установлен в true, либо лимит Максимальной скорости отдачи снят (установлено значение 0) - проблема наблюдается, отдача в каждом задании идёт только по одному слоту.
Михаил, можно ли было бы попросить Вас проверить это у себя? При изменениях установок клиент лучше перезапускать, чтобы форсировать переподключение пиров.