По умолчанию «активными» не считаются задания, у которых скорость скачивания или отдачи меньше 1 кбайт/с.
Это можно изменить, поставив опцию
queue.dont_count_slow_dl/ul в
false в дополнительных настройках.
Хотя это не отвечает на вопрос почему все задания находятся в очереди...
Версию клиента сменить не пробовали?
А вообще, вот
тут самое лучшее описание клиента, которое можно встретить в сети.