VirtualDubMPEG2 это прошлый век, когда базовый VirtualDub не умел работать ни с какими исходными форматами, кроме AVI. Тогда его взломали и научили читать другие форматы. И во всех клонах VirtualDub были мелкие баги (хорошо работала только та функция, под которую клон был создан).
Впоследствии разработчики VirtualDub доработали программу, научив ее открывать другие форматы с помощью плагинов. Так что последние версии VirtualDub сами могут работать с MPEG2 и AVC, и костыли в виде устаревших версий клонов ей не нужны.
Вот только плагина по работе с несколькими звуковыми дорожками нет (последние версии VirtualDub умеют только выбрать 1 дорожку, если их несколько, но перекодировать с несколькими дорожками не могут), поэтому из всех клонов сейчас актуален только VirtualDubMod для замены и добавления дорожки. Но, как уже говорилось, как и во всех клонах, в VirtualDubMod могут быть баги, поэтому целесообразнее кодировать в базовом VirtualDub, а потом уже заменять и добавлять дорожки в VirtualDubMod в режиме прямопотокового копирования видео. Это самый стабильный алгоритм работы.
Так что использовать VirtualDubMPEG2 не рекомендуется.