Всё верно. С этим фильтром скорее всего так и нужно. Но, потому и нельзя в пакетном. А для ускорения, облегчения можно например, настроить видео кодек, аудио кодек. Частоту видео кадров (если меняете) подгрузить все фильтры с какими приходиться работать (с одним загруженным файлом). Просто в окне с фильтрами снимите с них галочки, чтобы позабыв их по ошибке не обработали с ними. При снятых галочках они некуда не вмешаются и сохранить параметры обработки.
В дальнейшем после запуска программы, открываете файл, загружаете параметры обработки и далее идете меняете, уточняете, настраиваете что нужно. И это позволит ускорять процесс настроек. Со временем сами себе будете доверять и Вам придется меньше в настройки заглядывать. По чаще встречающимся разновидностям настроек сохраните - создадите разные файлы. Конечно. это если Вы часто работаете с видео - звуком.