Открываем BD в BDInfo, смотрим какой плейлист (00000.MPLS, например) отвечает за дробленные m2ts. Заходим в папку с плейлистами BDMV\PLAYLIST, находим наш номер, перетаскиваем этот плейлист в tsMuxer (отмечаем потоки, которые хотим видеть в конечном файле), выбираем режим мукса .ts, .m2ts, или структуру BD диска.
Либо если нужно просто склеить, то добавляем файлы в тот же tsMuxer кнопкой
join