Версия k-lite 6.6.6 меня не устроила, откатился до 6.6.0. Как себя ведет 6.7.0 не могу сказать.
upd. Появилась 6.8.0
Странно, что у Вас проблемы после перепаковки (думаю делаете в таком порядке: извлечение видеоряда в режиме Demux -> добавление полученного файла в мерж -> мукс). Извлекать видеопоток конечно лучше в еас3to.
Пробуйте так же отдельно установить ffdshow и haali
http://x264.nl/