Итак, по порядку...почти.
1. Мастера, который не знает в чем разница понятий "основной" и "динамический" отправить на кол. Разметка в динамическом томе производится системой, и указанный при установке диск становится загрузочным (а-ля "основной").
2. Из-за неверной разбивки разделов диски работать не перестают, никак. Максимум - утеря части данных. После форматирования всё становится на свои места, если это не так - проблема в другом.
3. Динамические диски не проблема, если у Вас в планах пользоваться только ОС Windows Vista или выше (на XP с ними мороки больше, но они работают).
4. Устанавливать 2 системы на один диск не страшно, но всё-таки не рекомендуется, тем более - если есть несколько дисков.
5. Наиболее корректная и удобная (на мой взгляд) схема дисков, такая - по одному физическому диску для каждой системы, одна ФС на диск, один тип дисков для всех. Для диска с системой можно сделать исключение - там может быть другой тип диска. Если не нравится мешанина дисков - их можно связать в массив. И последнее - разбивать один диск на несколько логических - только в случае необходимости, в случае сбоя - куда меньше мороки.
Надеюсь, ответил более-менее понятно.