Открываете в программе первый клип, в меню Видео ставите точку Режим полной обработки (Full Processing Mode), в том же меню жмете Кодирование (Compression) и выбираете и настраиваете кодек, затем в меню Файл выбираете Сохранить как... (Save As...) и сохраняете клип. Не закрывая программу, грузите второй клип и сохраняете с теми же параметрами. После этого их склеиваете.