Ну значит плеер должен потянуть
Так что Вам осталось сделать одинаковые аудиопотоки и сшить файлы. Так же на всякий случай проверьте, что и видео потоки (особенно частота кадров) у них совпадает. А то после исправления аудио такое же окошко выскочит и про видео