Ни разу с таким не сталкивался. Думаю либо привод дурит, либо с дисками проблема. Еще вариант, что во время кодирования что то происходит, хотя маловероятно. Если комп слабый, попробуйте во время кодирования на нем не работать.
А вот Convert'ом диски лучше не писать.