Можно ещё попробовать в несколько приёмов.
Не только видео, но и аудио должно быть 100% идентичным. Если выдаёт ошибку по аудио - то вначале попробовать отрезать звук и соединить только видео. Затем перекодировать аудио в WAV и далее соединив WAV-файлы в один, снова перекодировать в конечный формат.
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Трудоёмкое это занятие. Лучший результат получится если кодировать оба файла одновременно - но мне известна лишь одна прога которая это делает Xilisoft Ripper Pack. К сожалению не знаю на какой стадии развития эта прога. Она не обрезала ранее чёрные поля.