В меню "Потоки" правой кнопкой на нужном потоке и выбираем "Громкость". Опция доступна только в режиме полной обработки звука, так что не забудьте выбрать кодек в "Компрессии".
В базовом VirtualDub - аналогично, только там это меню прямо в Главном меню, в "Аудио"