Я с начала не читал, времени уже нет, не знаю каким видео кодеком кодирован.
Попробуйте:
- аудио - можно и в полную обработку и пережать (может ошибок будет меньше);
- видео - полная обработка, компрессия, выбираем кодек с каким кодеком был обработан (это важно!), ниже ставим галочку "умный рендеринг". Все, пере сохраняем. Будет быстро и точно.
После, до удаления исходника обязательно перепроверяте!
Со временем уловите тонкости.
Удачи.