Нагрузка на комп увеличится в случае если использовать еще несколько ресурсоемких программ. Разница между низким и средним приоритетом заключается в следующем:
например, установлен низкий приоритет + запущен скажем фотошоп - тогда, ресурсы компа будут направлены на фотошоп, соответственно скорость кодирования упадет;
установлен средний приоритет + фотошоп - ресурсы компа будут распределяться между двумя программами, скорость кодирования возрастет по сравнению с низким приоритетом, но упадет скорость работы фотошопа
Если же просто кодировать и пойти попить чаю, то разницы между низким и средним приоритетами нет и нагрузка на комп при разных приоритетах будет одинаковой.
Что касается индексации.
blackorient, у Вас случайно в программе декодер выбран не FFmpegSource С этим декодером индексация идет очень долго, один раз у меня заняло 1,5 часа это дело (конфа: Q6600 (3,2 ггц), 4 гб оперативка - думаю на индексацию это особо не влияет, здесь нужен шустрый винт).