Извините я не прочитал что это Vob. Вертуал Дуб работать может даже с mkv, но все сохраняет только в АВИ. А в чем проблема то с Vob?
Если Вы его подсовываете в плеер в виде только Vob, то в чем нужда?
Он отдельно не может быть заменен, там где он лежал (если имеется в виду ДВД Диск).
Тогда нужно править в чем то другом,
1) какие у Вас есть перечислили бы свои программы если не хотите других искать.
2) если хотите программу для правки ДВД диска, то это не вообще так делается.
3) если хотите править только один файл и смотреть отдельно. То, Vob - файл, этот тот же mpg - формат mpeg2.
То, очень простая и достаточно хорошая прога - MPEG Video Wizard DVD.
В нем и как диск можно делать и как простой файл экспортировать.
Если правильно делать, то, можно и без перекодирования, с минимальными потерями качества можно.