Эм... Лан, спасибо, конечно.. но я как то уже сам разобрался в своей проблеме)))
Не знаю как, но что бы можно было нормально отрезать сегмент в ВиртуалДубе в конвертере MKV, надо было просто сделать Компрессию...
А вот переконвертировать MKV в AVI у меня так и не получилось... Лан, разберусь как-нибудь))