МКV - это не формат, тоже как АВИ контейнер. Поэтому все зависит от его содержания. В чем кодирован видео, что за аудио?
MediaInfo - чтобы узнать характеристики видео и аудио-потоков (какой кодек, битрейт, количество потоков и т.д.
При помощи mkv2vob можно переложить в АВИ без перекодирования.
AutoMKV - конвертирует.
Основная проблема бывает из-за фильма кодированного в H264.
CoreAVC [?] - лучший декодер для H264-видео.
Сам я просто не конвертирую, а редактирую все под себя, перемещаю названия вперед, убираю все лишние и тогда (естественно это просто мои действия, а прога все сделает одновременно).
Поэтому в зависимости от предстоящей работы (материал какой) делаю в Вертуале, сложнее в MPEG Video Wizard DVD.
Столько материала в инете просто надо поискать. Все это описывать достаточно много нужно затратить времени и сил. Да и здесь много вроде есть.