Проблема в голове и в руках - это шутка.
Вы все вместе не приплетайте. ВертуалДуб и ВертуалДубМод созданы для работы с АВИ. А с MKV и даже в мпег их нужно "приучать", т.е. дополнительные кодеки в системе, загрузка файла особым способом и т.д.
И вообще при чем тут JetAudio.
По этому вопросу можно целую книгу написать. Вы пока лучше привыкайте работать по проще с соответствующими материалами, почитать тут на форуме, по этим вопросам много чего и многократно написано.
И уже после зададите более конкретный вопрос. Нельзя сразу же объять....