Я все таки не стал бы так делать.
1) В MPEGVideo Wizard е, с МПЕГ - лучше, при возможности лучше стараться не менять в фильме ничего. Будет быстрое прямое копирование.
И даже если это не получиться. Будет качество сохраняться. Очень уважаю эту прогу, но для изменения бейтрита именно в мпег, он плоховат.
2) А вот для AVI как раз наоборот. Можно использовать. Т.к. при экспорте в АВИ можно настраивать непосредственно кодек, и качество получиться в зависимости от работы кодека и Ваших настроек.
Удачи.