А вы попробуйте не конвертировать файл, а при записи DVD фильма на флэшку, организовать на ней структуру DVD-диска. Т.е. в корне флэшки создайте папку VIDEO_TS, в которую запишите все файлы DVD. Их всего три типа: IFO - основной инфофайл, в котором прописаны все входящие файлы, времена начала и окончания, различные аудиопотоки, наличие субтитров и т.д. BUP - это копия инфофайла. Плеер обращается к нему, если испорчен IFO. VOB - это суррогатные мультимедиа файлы, включающие сам фильм и различные бонусные материалы.
Предполагаю, что в этом случае плеер будет считать флэшку своеобразным DVD, и правильно его воспроизводить.