Моё мнение дело не в клиенте, а в периодической блокировке трекеров (анонсеров), из-за них скорее всего трафик не учитывается.
Если по форуму полазить пользователи µTorrent часто на эту же проблему жалуются. Пока провайдеры с правообладателями будут преследовать торрент-трекеры ничего не изменится.
Сосед Deluge использует и не жалуется, но он только скачивает.
Transmission по мне самый гибкий для раздач, в связке с Transmission remote GUI выглядит почти как тот же µTorrent плюс открываются более удобные настройки. Удобно менять заблокированные анонсеры 100-ми на новые.
Прежде чем грешить на клиента не пробовали трафик пустить через vpn и понаблюдать за учетом?