Пропали из программы, это не значит, что пропали из компьютера.
Найди их на жестком диске и опиши заново путь расположение торрент файлов и закачек
в пункте настройки программы "ПАПКИ".
А если пользуетесь внешним диском, 100% поменялась буква в название внешнего диска.
Верни старое название внешнего диска.